Если у вас Opencart 3, то проблемной таблицей является oc_session. И так же если устанавливаете модификатор для автоматической очистки (или руками делаете; иначе разрастется до непомерных размеров), то необходимо создать индекс для поля expire в таблице oc_session.
Так же очень сильно влияет на скорость подход к логу транзакций в самой БД (заполнение сессий может очень сильно тормозить при нагруженном сайте). Чтобы быстрее выполнялись запросы, нужно подкорректировать настройку innodb_flush_log_at_trx_commit.
Установить или
innodb_flush_log_at_trx_commit = 2
или
innodb_flush_log_at_trx_commit = 0
Но, советую перед этим почитать о том, что это за настройка, как ее применять и на что она влияет.
Кстати, при перезагрузке БД может потребоваться очистка файла существующего лога.